Un siècle après la victoire des shinobi sur la résurrection de Kaguya Ôtsutsuki, ce fut la création d'une toute nouvelle ère ninja. En effet, une alliance entre les cinq grands pays fut conçu et renforça le lien entre les plus puissants villages du monde ninja. Les pays plus modeste comme Ame, Kusa ou Oto n'ont pas été absorbés par ces plus grands pays et ont voulu garder leur indépendance par esprit de liberté. Cela ne perturba pas plus la paix dans le monde tandis que les shinobis continuèrent de transmettre leur héritage à la nouvelle génération.
Même si tout semble paix et amour, une menace s'éveille peu à peu. Caché derrière leur brouillard sombre, une organisation sanguinaire fit leur apparition : Chi no Kiri! Le brouillant sanglant, qui ont pour but de détruire les cinq grande nation pour renverser le monde dans un chaos sans égal avec d’innombrable victimes dans leurs sillages. Fort et déterminer, il vole et tue sans hésite quiconque les croisera. Ce n'est pas moins étonnant venant de criminel de Rank S!
Les meurtres ingrate augmente, tout le monde à peur. Pourriez-vous les protéger ? Ou vous allez rejoindre cette organisation impie ? L'avenir n'est que moins sûr... Mais seul vous pourrez changer le cours de l'histoire!