Un siècle après la victoire des shinobi sur la résurrection de Kaguya Ôtsutsuki, ce fut la création d'une toute nouvelle ère ninja. En effet, une alliance entre les cinq grands pays fut conçu et renforça le lien entre les plus puissants villages du monde ninja. Les pays plus modeste comme Ame, Kusa ou Oto n'ont pas été absorbés par ces plus grands pays et ont voulu garder leur indépendance par esprit de liberté. Cela ne perturba pas plus la paix dans le monde tandis que les shinobis continuèrent de transmettre leur héritage à la nouvelle génération.
Des ombres surgirent des fissures fragiles de la paix, faisant apparaître aujourd'hui l'émergence d'un groupe de Nukenin répondant au nom de Chi no Kiri. Il dévasta le village caché de Oto avant d'être lui-même détruit mais cela montrait à quel point la paix était fragile et que de sombres organisations pouvaient toujours apparaître à n'importe quel moment et mettre en péril le monde shinobi.
Une plus grande menace apparu sur le monde shinobi. Une terre vieille de plus de deux cent ans refit surface et provoqua un chaos énorme. Ce pays que l'on nomma "la Terre Noire" émergea de l'ombre et prouva sa puissance au monde entier. En effet, elle provoqua un effondrement technologique et plongea le monde dans le noir, l'obligeant à revenir à l'époque des chevaux et des épées. Cela avait affaiblis tous les pays qui sont tous désormais en état d'urgence. Une organisation profita du chaos pour surgir, elle se nomme Kaosuki et ses membres masqués menacent à leur tour la paix. Il est difficile de savoir si cette alliance tiendra face à ces nouveaux périls ou si la carte du monde sera recouvert de rouge.
En effet la guerre est proche, shinobi ! Le monde a peur et les ninjas semblent s'être affaiblis à cause de cette longue paix. Seriez-vous un héro protecteur ou bien une lame destinée à couper le monde ? Ou alors un guerrier errant qui s'éloigne de tout cela ? Allez-vous profitez de la faiblesse des pays ou bien les aider à se relever ? Vous pouvez encore simplement l'ignorer ou préparer votre propre aventure... Le futur est encore incertain.